Estas son 20 de las bacterias más estudiadas; la mayoría han sido ignoradas

Paul Jensen, biólogo de sistemas microbianos de la Universidad de Michigan en Ann Arbor, quería ver si las herramientas de inteligencia artificial (IA), como los grandes modelos de lenguaje, podían sintetizar la investigación sobre diferentes microbios. Así que localizó todos los artículos relevantes sobre una especie de bacteria que estudió en el laboratorio llamada organismo causante de caries. nevo estreptococo – pero descubrió que ya los había leído todos, unas pocas docenas en total.

Muchos microbiólogos se encuentran en una situación similar (o peor). En un estudio publicado la semana pasada en el servidor de preimpresión bioRxiv¹Jensen descubrió que sólo 10 especies de bacterias representaban la mitad de todas las publicaciones, mientras que casi tres cuartas partes de todas las bacterias nombradas no tenían ni un solo artículo para ellas.

«Hemos aprendido mucho sobre un pequeño número de especies», dice Jensen. Pero «para la mayoría de las bacterias, por ejemplo el lenguaje, la IA no tiene nada que leer». Los investigadores afirman que los microbios importantes para la salud (humana y terrestre) son particularmente poco conocidos.

Un microorganismo modelo

Al igual que otros científicos de la vida, los microbiólogos estudian organismos modelo con la esperanza de obtener ideas de los queridos laboratorios que se portan bien. Escherichia coli Relacionado con otros seres vivos.

En muchos casos lo son: Los fundamentos de la biología molecular se basan en experimentos. Escherichia coli. Pero a medida que los científicos amplían su catálogo de vida microbiana con cada muestra de piel, excremento o suelo, crece la oportunidad de descubrir conocimientos nuevos e inusuales.

Para cuantificar el sesgo de la microbiología hacia una pequeña cantidad de organismos modelo, Jensen consultó una base de datos de 43,409 especies bacterianas únicas y contó la cantidad de artículos indexados por PubMed (un repositorio de literatura biomédica administrado por el gobierno de EE. UU.) que mencionaba cada especie en el título o resumen. .

asombrosamente, Escherichia coli se impuso con más de 312.000 publicaciones, el 21% del total. El resto del top 10 estaba formado principalmente por patógenos humanos, p. Estafilococo aureusinfección oportunista, micobacteria tuberculosis Y Helicobacter pyloriMicrobio estomacal que puede provocar úlceras y cáncer (ver ‘Bacterias más estudiadas’).

Pero el 74% de las especies bacterianas no fueron mencionadas en ningún título o resumen de ningún artículo indexado («microbios olvidados»). Y la brecha entre las bacterias conocidas y las estudiadas se ha ampliado en los últimos 25 años, en parte debido a los estudios de secuenciación de microorganismos.

Organismos poco estudiados

Nicola Segata, microbióloga de la Universidad de Trento en Italia, quedó decepcionada (pero no sorprendida) por las conclusiones del estudio. Con una o dos excepciones, los microbios que abundan en el microbioma humano sano no figuran en la lista de las 50 bacterias mejor estudiadas. Y muchos de los organismos importantes para la salud humana que encontraron Segata et al no tienen nombre ni han sido estudiados. «Aún queda un largo camino por recorrer antes de que estas especies sean estudiadas al nivel que merecen», añade.

Los microbios que se encuentran en ecosistemas tan diversos como los océanos y los suelos también están claramente poco estudiados, dice Brett Baker, ecólogo microbiano de la Universidad de Texas en Austin. «En esta lista no hay ningún organismo dominante en la naturaleza», afirma. «Eso es un problema».