Fundada por Ben Kramer (COO) y Tim Wannier (CEO) en mayo de 2022, la startup identifica microbios ‘salvajes’ con rasgos únicos y los domestica rápidamente.
Utiliza una colección de herramientas genéticas para domesticar y diseñar cepas de bacterias, incluida la recombinación, una forma de edición de genes, para crear huéspedes de próxima generación para una amplia gama de ingredientes producidos en tanques de fermentación.
En este momento, Kramer le dice AFNun puñado de caballos de batalla microbianos hacen la mayor parte del trabajo en este campo, en el que los microbios sirven como minifábricas de producción para hacer de todo, desde sabores, colores, edulcorantes y enzimas hasta proteínas lácteas «libres de animales».
Desarrollo de la próxima generación de huéspedes microbianos
Desde una perspectiva regulatoria, hay ventajas en el uso de cepas de levadura probadas y confiables (Pichia pastoris, Saccharomyces cerevisiae), bacterias (E. coli) y hongos (Tricodermia, Aspergillus niger), reconoce.
Pero no son necesariamente los anfitriones más eficientes para cada ingrediente, según Wild Microbes.
«Hay miles de cepas microbianas diferentes en una cucharada de tierra», señala Kramer. “Y usamos unas seis cepas para hacer casi todo porque sabemos cómo hacerlo, no porque sea necesariamente lo que tiene más sentido. Nos preguntamos: ¿cuál es la cepa perfecta para cada producto?
«Las bacterias son más baratas, fáciles y rápidas de cultivar, pero es difícil alcanzar los títulos correctos»
Cuando analiza los anfitriones de expresión, siempre hay compensaciones, por lo que, para obtener un título más alto (más gramos por litro de su ingrediente objetivo), la tasa de crecimiento podría ser más lenta, por ejemplo, dice Kramer.
“Las bacterias son más baratas, más fáciles y más rápidas de cultivar, pero es difícil alcanzar los títulos correctos. Lo que estamos diciendo es que sigamos usando el sistema de expresión más barato, que es la bacteria, pero aumentemos el título. Hay todo un mundo de oportunidades más allá de lo industrial E. coli presiones.»
«Tim estaba en el Church Lab de la Escuela de Medicina de Harvard trabajando en la creación de mejores herramientas para diseñar especies bacterianas con las que a menudo era difícil trabajar, y yo estaba en la Escuela de Negocios de Stanford pensando en cómo crear una tecnología de plataforma que permitiera a las empresas de biología sintética escala más rápido. Nos conocimos y sentimos que había una fuerte superposición”.
Tecnología habilitadora
Wild Microbes está interesado en el mercado de proteínas de fermentación de precisión y está evaluando múltiples oportunidades de mercado. dice Kramer, quien conoció a Wannier a través de Nucleate, un programa de emprendimiento fundado por estudiantes graduados de la Universidad de Harvard.
«Si las personas vienen a nosotros con productos que quieren hacer, podemos desarrollar la cepa perfecta para ellos».
En muchos casos, dice, es posible que los socios ya hayan comenzado a producir una proteína determinada, pero necesitan cumplir con ciertos requisitos de título y no ven el camino para lograrlo con su cepa actual dentro de un período de tiempo razonable.
«Hay miles de cepas microbianas diferentes en una cucharada de tierra, y usamos seis para hacer todo…»
Si un microbio puede sobrevivir en el fondo del océano, tal vez le vaya bien en un tanque de fermentación de un millón de litros.
Si bien los microbios no producen de forma natural las moléculas específicas que las empresas de biología sintética buscan fabricar (no encontrará hongos que produzcan proteínas lácteas de forma natural), lo que Wild Microbes busca son cepas con “un fenotipo que las haga buenas para escalar, » él añade.
«Así que tal vez sea una cepa que funciona muy bien bajo presión porque sobrevive en el fondo del océano, lo que podría significar que podría hacerlo bien en un millón de litros [fermentation] tanque porque no va a morir.
“También observamos cosas que afectarán el procesamiento posterior, como si la proteína se secreta.
“Entonces podemos usar nuestro conjunto de herramientas genéticas personalizadas para desarrollar nuevas propiedades en huéspedes objetivo. recombinación, una de las principales herramientas de la empresa, funciona como una fotocopiadora editable. Sin cortar el ADN, la recombinación puede editar el genoma bacteriano durante la reproducción sin matar a la mayoría de las células”.
Edición de genes: Patente presentada para recombinar IP
En cuanto a la propiedad intelectual, dice: “Tim es un inversor en tecnología de edición de genes cubierta por una solicitud de patente presentada por la Universidad de Harvard. Estamos en negociaciones con Harvard sobre la patente”.
El enfoque inicial de la empresa es la fabricación de proteínas, dice. Esto incluye proteínas animales y enzimas industriales.
En algunos casos, explica, es posible que los socios potenciales ya estén produciendo una proteína determinada mediante fermentación de precisión, pero necesitan cumplir con ciertos requisitos de título y no ven el camino para llegar allí en un tiempo razonable.
Pros y contras de usar nuevas cepas para la fermentación de precisión
Pasar por el proceso regulatorio con nuevas cepas microbianas es más difícil, reconoce Kramer.
«Pero tenemos cuidado de usar cepas de familias sin patógenos conocidos y de encontrar cepas que secreten proteínas».
Si los microbios secretan proteínas en el caldo de fermentación, es menos costoso recuperarlas, dijo. De lo contrario, debe romper las células para llegar a las proteínas y correr el riesgo de obtener fragmentos del microorganismo huésped en el producto final a menos que gaste en un procesamiento posterior más costoso.
«Si se secretan, por ejemplo, no hay ADN del organismo huésped en el producto final».
Dicho esto, afirma, “el mayor riesgo para las nuevas empresas de fermentación de precisión no es regulatorio. Es la capacidad de alcanzar los objetivos de costos, por lo que nuestra propuesta de valor es clara”.
Donde Wild Microbes encaja en el panorama de la biología sintética
Cuando se le preguntó cómo Wild Microbes encaja en el panorama de la biología sintética, Kramer dice: “Estamos haciendo la pregunta: ¿Cuál es la mejor cepa del mundo para producir su producto? Y luego puedes ir a trabajar con otros jugadores para optimizarlo”.
